Un año y medio después de los eventos del original thriller psicológico de ciencia ficción, Akane Tsunemori continúa su trabajo como inspector, aplicando los juicios del Sistema Sibyl. Junto a ella están los nuevos ejecutores y la inspectora junior Mika Shimotsuki, una joven ciega e inflexiblemente leal a Sibyl. Mientras Akane reflexiona sobre la naturaleza de su trabajo y la legitimidad de los veredictos de Sibyl, surge una nueva y perturbadora amenaza.
Una figura misteriosa ha descubierto una forma de controlar el coeficiente de crimen: un número compilado a partir de exploraciones mentales que permite a Sibyl evaluar la salud psicológica e identificar posibles delincuentes. A través de estos medios, puede asesinar a un ejecutor, dejando tras de sí una pista críptica: "¿WC?" Garabateado en sangre en una pared.
Akane y el resto de la División 1 pronto se encuentran jugando un juego mortal contra su nuevo enemigo, enfrentándose a una conspiración que amenaza no solo con la autoridad del Sistema de Sibila, sino con la base misma de las propias convicciones de Akane.