FLCL Progressive

Han pasado muchos años desde que Naota y Haruhara Haruko compartieron su aventura juntos. Mientras tanto, la guerra entre las dos entidades conocida como Medical Mechanica y Fraternity se extiende por toda la galaxia. Entra Hidomi, una joven adolescente que cree que no hay nada increíble que esperar de su vida normal, hasta que un día, cuando una nueva maestra llamada Haruko llega a su escuela. Muy pronto, Medical Mechanica está atacando su ciudad e Hidomi descubre un secreto dentro de ella que podría salvar a todos, un secreto que solo Haruko puede desbloquear.

Pero, ¿por qué Haruko regresó a la Tierra? ¿Qué le pasó a su Rickenbacker 4001 que dejó con Naota? ¿Y a dónde fue el robot de tipo humano "Canti"?