Comienza de nuevo una guerra entre clanes ninjas que había comenzado hace tres generaciones de Shogun en la era Keichou la cual desencadenó la mortal lucha entre Kouga e Iga. En el medio de los pétalos en flor, un hombre y una mujer que estaban tratando de vivir una vida por amor son separados una vez más.
Sin embargo, los pétalos han dejado atrás dos mementos que ha dado vida a Hachirou Kouga y Hibiki Iga. Estos dos niños, que tienen los mismos ojos de sus padre y madre respectivamente, nacieron con un destino muy particular que los espera.
Ahora, estamos en la pacífica Kan’ei era. Los ninjas son inútiles en esta era, y solo pueden mantenerse en las sombras. Aquellos miembros de los clanes de Hachirou y Hibiki están esperando que estos dos traigan un cambio usando su fuerza y sangre.