A la llegada del siglo XXI, gran parte de la humanidad había muerto al haber haber sido aniquilada por un nuevo gobernante, Godzilla. Unos pocos elegidos escaparon a las estrellas en una nave espacial llamada Aratrum en busca de “la tierra prometida”, el planeta Tau-e que podría sustentar la vida humana. Pero el plan de migración falla y los miembros restantes de la raza humana deciden regresar a la Tierra. Sin embargo, las distorsiones en el espacio-tiempo y la distancia recorrida significan que la humanidad está regresando a una Tierra completamente cambiada unos 20 000 años después. Los humanos, liderados por el héroe Haruo, se preparan para llevar la lucha contra Godzilla siguiendo una estrategia que lleva 20 años en preparación. Llevado a cabo con la ayuda de dos especies extraterrestres, los exif y los bilusaludo, los humanos logran derrotar a Godzilla en una costosa batalla a muerte.
Pero la victoria es efímera. De las profundidades del planeta surge un nuevo tipo de monstruo apodado “Godzilla Earth”. Evolucionando desde hace 20 000 años, la criatura tiene 300 metros de altura, pesa más de 100 000 toneladas y posee un poder abrumadoramente destructivo que obliga a Haruo y compañía a huir por sus vidas. Al rescate de Haruo acude Miana, miembro de una tribu aborigen llamada houtua. Estos son los primeros humanoides que encuentran los regresados. ¿Podrían ser que desciendan de los humanos? “Nuestro dios tribal fue destruido por Godzilla. Todo lo que nos queda son estos huevos. Cualquiera que haya intentado luchar o resistirse a él ha sido arrojado a las llamas”, le dicen a Haruo, quien responde: “Esta es nuestra última esperanza de recuperar nuestro hogar “.
Mientras tanto, el comandante bilusaludo Galu-gu está eufórico al descubrir que las puntas de flecha de la tribu houtua están hechas de nanometal, un metal autosuficiente. Se había desarrollado en el siglo XXI como un arma “anti-Godzilla” durante la batalla decisiva que se libró al pie del monte Fuji, pero había sido destruida antes de poderse activar en la forma de un “Mecha-Godzilla”. El nanometal era su base y la prueba de que la planta de fabricación todavía puede ser utilizada.